O Governo no Estado Federal de Sergipe é representado por um Chanceler, nomeado pelo Grão-Mestre e que, conjuntamente com os outros 26 Chanceleres do Brasil, constitui a Chancelaria Brasileira. Todos os Chanceleres agem como Embaixadores extraordinários e plenipotenciários (ou Ministros) e excedem em qualidade e dignidade, nos seus respectivos estados, todos os outros membros da Ordem. Compete-lhes informar e assessorar o Grão-Mestre sobre todas as matérias do Governo e representar a Ordem em todas as instâncias e cerimónias oficiais.
O Chanceler do Estado Federal de Sergipe preside ao Conselho do Estado Federal de Sergipe, composto pelos Conselheiros da Arquidiocese de Aracaju e das Dioceses de Estância e Propriá. Cada Conselheiro é assessorado localmente por dois Tenentes.
