O Governo no Estado Federal de São Paulo é representado por um Chanceler, nomeado pelo Grão-Mestre e que, conjuntamente com os outros 26 Chanceleres do Brasil, constitui a Chancelaria Brasileira. Todos os Chanceleres agem como Embaixadores extraordinários e plenipotenciários (ou Ministros) e excedem em qualidade e dignidade, nos seus respectivos estados, todos os outros membros da Ordem. Compete-lhes informar e assessorar o Grão-Mestre sobre todas as matérias do Governo e representar a Ordem em todas as instâncias e cerimónias oficiais.
O Chanceler do Estado Federal de São Paulo preside ao Conselho do Estado Federal de São Paulo, composto pelos Conselheiros das Arquidioceses de São Paulo, Botucatu, Campinas, Ribeirão Preto, Aparecida e Sorocaba e das Dioceses de Campo Limpo, São Miguel Paulista, Santo Amaro, Osasco, Santo André, Guarulhos, Santos, Mogi das Cruzes, Marília, Lins, Bauru, Ourinhos, Presidente Prudente, Assis, Araçatuba, Limeira, São Carlos, Bragança Paulista, Amparo, Piracicaba, Franca, Catanduva, Jales, Barretos, São João da Boavista, Jaboticabal, São José do Rio Preto, Taubaté, São José dos Campos, Lorena, Caraguatatuba, Itapeva, Itapetininga, Registro e Jundiaí. Cada Conselheiro é assessorado localmente por dois Tenentes.
