O Governo no Estado Federal de Santa Catarina é representado por um Chanceler, nomeado pelo Grão-Mestre e que, conjuntamente com os outros 26 Chanceleres do Brasil, constitui a Chancelaria Brasileira. Todos os Chanceleres agem como Embaixadores extraordinários e plenipotenciários (ou Ministros) e excedem em qualidade e dignidade, nos seus respectivos estados, todos os outros membros da Ordem. Compete-lhes informar e assessorar o Grão-Mestre sobre todas as matérias do Governo e representar a Ordem em todas as instâncias e cerimónias oficiais.
O Chanceler do Estado Federal de Santa Catarina preside ao Conselho do Estado Federal de Santa Catarina, composto pelos Conselheiros da Arquidiocese de Florianópolis e das Dioceses de Tubarão, Rio do Sul, Lages, Joinville, Joaçaba, Criciúma, Chapecó, Caçador e Blumenau. Cada Conselheiro é assessorado localmente por dois Tenentes.
