O Governo no Estado Federal de Mato Grosso é representado por um Chanceler, nomeado pelo Grão-Mestre e que, conjuntamente com os outros 26 Chanceleres do Brasil, constitui a Chancelaria Brasileira. Todos os Chanceleres agem como Embaixadores extraordinários e plenipotenciários (ou Ministros) e excedem em qualidade e dignidade, nos seus respectivos estados, todos os outros membros da Ordem. Compete-lhes informar e assessorar o Grão-Mestre sobre todas as matérias do Governo e representar a Ordem em todas as instâncias e cerimónias oficiais.
O Chanceler do Estado Federal de Mato Grosso preside ao Conselho do Estado Federal de Mato Grosso, composto pelos Conselheiros da Arquidiocese de Cuiabá e Dioceses de Sinop, São Luís de Cáceres, Rondonópolis, Juína, Guiratinga, Diamantino, Barra do Garças e Prelazias de São Félix e Paranatinga. Cada Conselheiro é assessorado localmente por dois Tenentes.
