O Governo no Estado Federal do Maranhão é representado por um Chanceler, nomeado pelo Grão-Mestre e que, conjuntamente com os outros 26 Chanceleres do Brasil, constitui a Chancelaria Brasileira. Todos os Chanceleres agem como Embaixadores extraordinários e plenipotenciários (ou Ministros) e excedem em qualidade e dignidade, nos seus respectivos estados, todos os outros membros da Ordem. Compete-lhes informar e assessorar o Grão-Mestre sobre todas as matérias do Governo e representar a Ordem em todas as instâncias e cerimónias oficiais.
O Chanceler do Estado Federal do Maranhão preside ao Conselho do Estado Federal do Maranhão, composto pelos Conselheiros da Arquidiocese de São Luís do Maranhão e Dioceses de Zé Doca, Viana, Pinheiro, Imperatriz, Grajaú, Coroatá, Caxias do Maranhão, Carolina, Brejo, Balsas e Bacabal. Cada Conselheiro é assessorado localmente por dois Tenentes.
