O Governo no Estado Federal do Ceará é representado por um Chanceler, nomeado pelo Grão-Mestre e que, conjuntamente com os outros 26 Chanceleres do Brasil, constitui a Chancelaria Brasileira. Todos os Chanceleres agem como Embaixadores extraordinários e plenipotenciários (ou Ministros) e excedem em qualidade e dignidade, nos seus respectivos estados, todos os outros membros da Ordem. Compete-lhes informar e assessorar o Grão-Mestre sobre todas as matérias do Governo e representar a Ordem em todas as instâncias e cerimónias oficiais.
O Chanceler do Estado Federal do Ceará preside ao Conselho do Estado Federal do Ceará, composto pelos Conselheiros da Arquidiocese de Fortaleza e Dioceses de Tianguá, Sobral, Quixadá, Limoreiro do Norte, Itapipoca, Iguatu, Crato e Cratéus. Cada Conselheiro é assessorado localmente por dois Tenentes.
