O Governo no Estado Federal da Bahia é representado por um Chanceler, nomeado pelo Grão-Mestre e que, conjuntamente com os outros 26 Chanceleres do Brasil, constitui a Chancelaria Brasileira. Todos os Chanceleres agem como Embaixadores extraordinários e plenipotenciários (ou Ministros) e excedem em qualidade e dignidade, nos seus respectivos estados, todos os outros membros da Ordem. Compete-lhes informar e assessorar o Grão-Mestre sobre todas as matérias do Governo e representar a Ordem em todas as instâncias e cerimónias oficiais.
O Chanceler do Estado Federal da Bahia preside ao Conselho do Estado Federal da Bahia, composto pelos Conselheiros das Dioceses e Arquidioceses de Feira de Santana, São Salvador da Bahia, Vitória da Conquista, Eunápolis, Alagoinhas, Amargosa, Barra, Barreiras, Bom Jesus da Lapa, Bonfim, Teixeira de Freitas - Caravelas, Ilhéus, Irecê, Itabuna, Jequié, Juazeiro, Livramento de Nossa Senhora, Paulo Afonso, Ruy Barbosa e Caetité. Cada Conselheiro é assessorado localmente por dois Tenentes.
