O Governo no Estado Federal do Amazonas é representado por um Chanceler, nomeado pelo Grão-Mestre e que, conjuntamente com os outros 26 Chanceleres do Brasil, constitui a Chancelaria Brasileira. Todos os Chanceleres agem como Embaixadores extraordinários e plenipotenciários (ou Ministros) e excedem em qualidade e dignidade, nos seus respectivos estados, todos os outros membros da Ordem. Compete-lhes informar e assessorar o Grão-Mestre sobre todas as matérias do Governo e representar a Ordem em todas as instâncias e cerimónias oficiais.
O Chanceler do Estado Federal do Amazonas preside ao Conselho do Estado Federal do Amazonas, composto pelos Conselheiros das Dioceses e Prelazias de Manaus, São Gabriel da Cachoeira, Parintins, Humaitá, Alto Solimões, Tefé, Itacoatiara, Coari, Borga e Lábrea. Cada Conselheiro é assessorado localmente por dois Tenentes.
